Kết thúc năm tài chính, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản thu, chi thường xuyên giao tự chủ, trích khấu hao tài sản cố định, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên giao tự chủ, đơn vị sự nghiệp công được sử dụng theo thứ tự như sau: lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp; lập Quỹ bổ sung thu nhập; lập Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi; lập Quỹ khác theo quy định của pháp luật chuyên ngành; phần chênh lệch thu lớn hơn chi còn lại sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định được bổ sung vào Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp. Quy định này được nêu tại Khoản 1 Điều 14 Nghị định 60/2021/NĐ-CP Chính phủ ban hành ngày 21/6/2021.