Điều 4 Thông tư số 41/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn tổ chức, hoạt động, quản lý, sử dụng và kế toán, quyết toán, công khai tài chính Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam quy định:
- Quỹ thực hiện thu, chi, kế toán, quyết toán, báo cáo và công khai tài chính của Quỹ theo hướng dẫn tại Thông tư này.
- Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính của Quỹ của các cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán nhà nước theo quy định của pháp luật; giám sát của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cộng đồng.
- Quỹ được sử dụng vốn nhàn rỗi của Quỹ để gửi tại các ngân hàng thương mại nhằm mục đích bảo toàn và phát triển vốn cho Quỹ, nhưng phải đảm bảo an toàn.
- Sau khi Quỹ chấm dứt hoạt động và giải thể, số dư của Quỹ (nếu có) được nộp toàn bộ vào ngân sách trung ương để bổ sung nguồn lực mua vắc-xin cho Chương trình tiêm chủng mở rộng của Nhà nước.