Điều 17 Thông tư số 41/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn tổ chức, hoạt động, quản lý, sử dụng và kế toán, quyết toán, công khai tài chính Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam quy định:
          - Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổng hợp nhu cầu kinh phí để mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chi từ Quỹ để tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động mua, nhập khẩu vắc-xin, nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước và sử dụng vắc-xin phòng Covid-19 theo quy định.
          - Căn cứ các nội dung chi được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Bộ Y tế lập hồ sơ đề nghị xuất Quỹ để chi theo quy định. Hồ sơ đề nghị xuất Quỹ bao gồm: văn bản của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt nội dung chi từ Quỹ; văn bản đề nghị của Bộ Y tế về việc chi từ Quỹ (trong đó nêu rõ: nội dung chi; số tiền; tên đơn vị nhận tiền, địa chỉ, số tài khoản, tên ngân hàng).
          - Bộ Y tế chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật, trước Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý, sử dụng số tiền được cấp từ Quỹ để mua, nhập khẩu vắc-xin, tài trợ, hỗ trợ cho hoạt động nghiên cứu, sản xuất vắc-xin trong nước; quản lý, sử dụng vắc-xin đã mua, nhập khẩu và vắc-xin đã tiếp nhận từ các nhà tài trợ theo đúng quy định.