Điều 4 Quyết định số 779/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam quy định:
          - Bộ máy quản lý Quỹ sử dụng cán bộ, công chức của Bộ Tài chính, hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định;
          Kinh phí hoạt động của bộ máy quản lý Quỹ do ngân sách nhà nước chi trả, không sử dụng từ nguồn thu của Quỹ.
          - Quỹ hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, sử dụng vốn đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật, đảm bảo công khai, minh bạch, tiết kiệm, hiệu quả.
          - Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính của Quỹ của các cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán nhà nước; giám sát của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cộng đồng.
          - Quỹ được sử dụng vốn nhàn rỗi của Quỹ để gửi tại các ngân hàng thương mại nhằm mục đích bảo toàn và phát triển vốn cho Quỹ nhưng phải đảm bảo an toàn.